Após o recebimento da parcela mensal, as entidades ficam obrigadas a prestar contas às secretarias gestoras. Cada pasta possui uma comissão de avaliação, que entre tantas atribuições exerce o controle das contas, monitora a execução do plano de trabalho pactuado e realiza visitas periódicas às entidades. Ao final de cada exercício, o Município emite um parecer conclusivo, nos termos das instruções normativas do Tribunal de Contas do Estado de São Paulo (TCE).